Der Flughafen Genf liegt nur wenige kilometer westlich des Stadtzentrums. Mit rund 6 Millionen Passagieren pro Jahr ist er der zweitgrösste Flughafen der Schweiz. EasyJet Switzerland betreibt eine grosse Basis. Daneben bietet auch SWISS viele Point to Point Verbindungen an.
Die geographische Lage zwischen dem Jura und den Alpen stellt eine gewisse Herausforderung an die An- und Abflugverfahren an. Die einzige Piste wird nicht nur von Linien-, sondern auch von vielen Businessjets genutzt.